El reconocimiento al trabajo de investigación y al quehacer editorial ha destacado con merecidos reconocimientos, premios y en algunas ocasiones, la mención honorífica a algunos de los títulos del fondo editorial del Colefio Mexiquense. Este reconocimiento es una muestra de la responsabilidad y el compromiso con la que se desarrollan las publicaciones, como es el caso de las siguientes:
Formación y desarrollo de un pueblo novohispano: Metepec en el Valle de Toluca. Premio Banamex Atanasio G. Saravia de Historia Regional Mexicana Siglos XVI al XX, en 1987.
Los Códices de Cutzio y Huetamo: encomienda y tributo en la Tierra Caliente de Michoacán, siglo XVI, El Colegio de Michoacán, El Colegio Mexiquense, Zamora, México, 2003. Premio Francisco Javier Clavijero y mención honorífica en la categoría de investigación correspondiente al campo de etnohistoria por parte del Instituto Nacional de Antropología e Historia, en 2003.

Atlas ilustrado de los pueblos de indios. Nueva España, 1800, recibió el premio Antonio García Cubas, por mejor edición en la categoría de libro científico, 2006.
Vivir donde nace el agua. El movimiento social mazahua en Villa de Allende, Estado de México, Premio Noemí Quezada otorgado por el Instituto de Investigaciones Antropológicas de la UNAM, en la especialidad de Ciencias Sociales a la mejor tesis de maestría, 2008.
¿Reciprocidad imposible? La política del comercio entre México y Estados Unidos 1857-1938, Premio Francisco Javier Clavijero que otorgó el Instituto Nacional de Antropología e Historia en 2008.
El estado como benefactor. Los pobres y la asistencia pública en la Ciudad de México 1877-1905. El trabajo recibió el premio a la mejor tesis de doctorado en humanidades, otorgado por la Academia Mexicana de las Ciencias en 2010.
La gente de la ciénaga en tiempos antiguos. La historia de Santa Cruz Atizapán, Mención honorífica del Premio Antonio García Cubas, otorgada por el Instituto Nacional de Antropología e Historia y la Cámara Nacional de la Industria de las Artes Gráficas, en la categoría de obra científica, en 2010.
Geografía aplicada en Iberoamérica. Avances, retos y perspectivas Premio Arch C. Gerlach, que otorga el Instituto Panamericano de Geografía e Historia, en 2017